Non ho capito se hai usato il Il setup interno di rpg maker 2000 o un install-creator generico trovato su internet.
Nel primo caso, beh, il "game disk creator" era notoriamente difettoso, fai prima a scaricare qualcosa tipo Clickteam Installer Creator (dovrebbe essere gratuito) o simili e fartelo da te (è anche più "professionale", passatemi il termine).
Nel secondo caso, potrebbe non dipendere da rpg maker e dovresti dirci quale programma hai usato.